同治三年六月十六日，即1864年7月19日，湘军全线攻破天京，太平天国灭亡。

攻破天京时，还没到前线，他的弟弟曾国荃暂时坐镇。而屡经苦战鏖战的湘军像疯了一样，涌入天京，疏解压抑紧张的心情，有的烧杀抢掠，有的奸淫妇女，整个天京上空笼罩着绝望的哭喊。

在攻入天京的那一刻，湘军的纪律基本就散了，曾国荃放任士卒劫掠，毕竟这并不是一支有思想的部队，普通士兵只知道打仗，大部分不知道为何打仗，现在让他们去劫掠，他们就会将之当成拼命后的奖赏。

劫掠一共持续了七天，在这七天内，几乎所有士兵都参与了洗劫了天王府及其他王府和仓库，并纵火焚烧，获得财富或寻求身体欢愉是他们的诉求，主帅下达的任务也没空管了。

对于清朝而言，天京虽然攻破，但最令他们咬牙切齿的洪秀全、李秀成等人都没找到，不知死活。直到劫掠后搜查，湘军才捕获李秀成，这个曾给湘军造成极大打击的忠王被割掉了臀股肉，但洪秀全一直没找到。

没找到也很正常，因为洪秀全已经死了，他在6月1日就已服毒自杀，由于天京被围，十几天后才发布死讯，也没人忙活下葬这事，毕竟没空也没用，城破后大家都得死。而城破后湘军烧杀抢掠，尸体是最常见的，找不到洪秀全在正常不过了。

7月28日，曾国藩抵达天京，对李秀成进行劝降，李秀成投降，写下自述，然而最终还是被曾国藩下令处死。

7月31日，湘军终于找到了洪秀全的尸首，并上报清廷，等到清廷下令处置，已经是8月初了。

按理说，像洪秀全这等“贼首”，就算是死了也得挖坟鞭尸，斩首相传，清朝也想这样做，可情况不允许。七八月份的南京天气酷热，两个月下来洪秀全的尸体已经面目全非，勉强辨认出来已经是不错了，而对一具已经腐烂发臭的尸体施以酷刑并没有什么实际意义，拿一具腐烂的头颅四处宣传，既达不到效果，也不太合适。

清廷真正在意的是洪秀全死了没有，这才是最大的政治意义，比鞭尸泄恨要来的实际，所以收到曾国藩关于确认洪秀全已死的报告后，朝廷也就不再追问了，尸体任由曾国藩处理吧。

曾国藩对洪秀全也不客气，直接就“验毕戮尸，举烈火而焚之”，虽然不像某些野史中说的是装进大炮里打成飞灰，但也是死无全尸。

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