晋元帝是东晋，其早年曾是西晋的宗亲琅琊王。晋惠帝在位时期，北方胡人崛起，他们践踏整个中原，作为西晋宗王之一，琅琊王遂随晋室宗亲南迁江南。琅琊王初到江南，没有自己的势力，为了获取江南士族的承认，司马睿遂主动与望族王导相结，他在王导的支持下，不断锐意进取，最终在建康称帝建国。

司马睿称帝期间，北方已经一焦土，胡人不仅占据西晋的都城洛阳，甚至还将势力扩展到了淮北，在这种情况下，晋元帝只好偏安于江南。不过，晋室毕竟是南迁的宗亲，所以其要想在江南立足，就必须要获取江南士族的认可。司马睿本身就有王爷的身份，如今要获取江南士族之心，就更需要与南方士族联合，为了名正言顺的建国，司马睿遂与士族王导、王敦相结，于是，东晋王朝便在江南建立了。

王导、王敦兄弟是晋元帝称帝建国的功臣，晋元帝出于这一方面的考虑，也对他们是非常信任。东晋建立后，王敦被晋元帝任命为荆州刺史，而王导则被任用为丞相。其中，王敦掌管东晋长江上游所有兵马，其亦有一定的实力，晋元帝为了获取王敦的支持，也不得不承认王氏家族的辅弼地位。

晋元帝是依靠王室兄弟而登基为帝的，所以其自然对这兄弟俩是言听计从。不过，作为一个有为之主，就需要有自己的决策，晋元帝处处受到王氏兄弟掣肘，也难免会降低皇帝恩威。为了重新展示司马氏皇帝恩威，晋元帝遂在称帝不久后提拔新的士族官员。

元帝重用新士族，其自然会引起王氏兄弟的不满。王导作为宰相，其虽有辅弼权利，但终究无法阻挡元帝重用新贵的脚步，而王敦就不同了，其掌管东晋一大半的兵马，若要发难，轻而易举。

晋元帝疏忽了对王敦的防备，就在元帝正在重用刘隗、刁协等人抵御王氏兄弟的时候，王敦便在荆州以清君侧的名义起兵了。王敦久有称帝之心，其早就像取司马氏而代之，司马睿如此重用新贵，也就给了他起兵的借口。终于，在公元321年，王敦率领二十万兵马东下建康。

司马睿所重用的刘隗、刁协等人都没有军事才干，他们也无法阻止王导暗助王敦的做法，于是，王敦起兵非常顺利。很快，叛军就攻到了建康城下。晋元帝司马睿对王敦的突然发难惊慌失措，其，只好任由局势发展，公元322年，叛军攻入建康。王敦进入皇宫首先就将一向反对自己的大臣戴渊处死，然后他控制皇宫，将晋元帝幽禁于宫中。

晋元帝司马睿毕竟为正统皇帝，所以王敦也不敢对其有所放肆。不过，王敦毕竟有称帝的野心，所以其自控制建康后，就不断减少对元帝的饮食补给。元帝受王敦如此欺辱，已经愤恨不已，没过多久，他就死在了建康。

王敦之乱是东晋初年一次影响巨大的士族叛乱，晋元帝司马睿最终没有平定这次叛乱，直到其子晋明帝司马绍继位后，王敦之乱才被彻底平定。

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