在在位的前期，面临了一系列的挑战，其中，吴三桂的叛乱就是最大的威胁。在康熙在位的前期，吴三桂、尚可喜等藩王发动了叛乱。当时，吴三桂拥有30多万军队，盘踞了西南大片地区。但是吴三桂总计才撑了8年，从兵力来说，完全可以割据一方。其实，吴三桂自身也有很多的问题，根本没有多大的实力。

在清朝确定自己的统治以后，为了西南地区的稳定，命令平西王吴三桂镇守云南地区。此外，尚可喜、耿精忠分别驻守和福建地区。这些地区都是南明实力活跃频繁之地，吴三桂负责云南、贵州等地，当时，吴三桂的总兵力有8万多人。这些兵力不算特别多，但都是老部队。在康熙皇帝下令撤藩之后，吴三桂发动了叛乱，而且开始迅速扩大自己的兵力。吴三桂的总兵力迅速扩大到了30多万，但大部分都是抓来的壮丁，战斗力很有限。

吴三桂发动叛乱十分突然，清朝方面根本没有准备。在很短的时间里，吴三桂迅速占领了贵州、四川、湖南、广西等地区，再加上大本营云南，吴三桂几乎控制了整个西南地区。但这已经达到了吴三桂的极限，吴三桂已经无力继续进攻其他地区。在占领湖南之后，吴三桂明显开始了战略防御。自己军队的能力有限，而且吴三桂已经60多岁了，没有那么大的野心。估计吴三桂还幻想着朝廷招安，他忽视了年轻了康熙皇帝。

认真地说，在吴三桂发动叛乱的初期，清朝方面确实措手不及，出现了慌乱的情况。但是在反应过来之后，康熙皇帝开始从各地调兵，另一方面对吴三桂集团进行分化瓦解。吴三桂集团虽然庞大，但并非铁板一块，很多人都有自己的小算盘。比如坐镇陕西的王辅臣，康熙皇帝和吴三桂都在拉拢。认真地说，王辅臣的态度很大程度上决定了战争的方向，王辅臣拥有将近8万军队。最后，王辅臣还是投靠了康熙皇帝。

其实在叛乱的最后几年，吴三桂已经是败局已定。尚可喜、耿精忠等人先后投降，就剩下了吴三桂。吴三桂也明白自己的处境，最后做起了皇帝，也算风光了一回。随后，清朝军队逐步占领湖南、四川等地，对云南形成了包围的态势。经过一系列的较量之后，清朝军队攻入了云南，吴三桂的孙子自杀。在平定了吴三桂的叛乱之后，康熙皇帝下一个目标就是郑氏集团。当时，郑氏集团依靠自己的水军优势，经常袭击清朝沿海地区。清朝则颁布了严酷的禁海令，阻碍了沿海地区的发展。

在平定吴三桂的叛乱中，清朝军队已经出现了很大的问题。清朝满洲八旗的战斗力明显下降，汉人组成的绿营兵开始崛起。虽然这仅仅是一个趋势，但情况越来越明显。到了在位时期，绿营兵已经成为了主力部队。当然，清朝还有一个强大的对手，那就是西北准噶尔部。准噶尔部与清朝打了60多年，在康熙皇帝在位的中期，准噶尔部甚至能够主动进攻清朝。不得不说，准噶尔部军队的战斗力很强。

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