公元1368年，北伐的明朝大军最终攻破元朝都城大都，元顺帝在城坡之前携后妃皇子及亲信大臣仓皇北逃。大都城破、顺帝北逃既标志着元朝的灭亡，也标志着元朝作为中央政权统治的结束。但是这并不意味着元朝已经彻底灭亡，因为北逃的元顺帝带走了元帝国的整套行政人员以及传国玉玺，并且在塞北仍然使用着元朝的国号和年号。史称“北元”

元顺帝在明军攻破大都之前率众北逃到了上都，也就是现在的内蒙古锡林郭勒盟一带，这里就成了元朝残余势力的政治中心，元顺帝在此仍然使用昔日元朝的国号和年号，也因为此处地处塞北，所以，元顺帝在这里建立的所谓“元朝”也被称为北元。北元的实质是元朝残余势力建立的地方政权。虽然元朝作为全国性的中央政权已经结束，但是此时的北元仍然牢牢地控制着广大塞北地区以及东北和云南地区，就连昔日被元朝灭亡的高丽王国，也仍然奉北元正朔，敌视明朝。

北元建立后，并没有偏安于塞北，而是对明朝发动了多起战争，针对于此，明朝也进行了多次北伐。此时的蒙古骑兵已经失去了昔日成吉思汗时期的风采，对明的战争，北元始终是败多胜少，长期的战争，也削弱了北元的实力，拖垮了本就不发达的北元经济。最终，在明朝的多路进攻之下，北元先后失去了云南以及东北的广大地区，忠于“元廷”的高丽王国也被其亲明的将军李成桂篡权。最终，坚持了二十一年的北元朝廷被权臣篡夺，成吉思汗的统治从此断绝。而从北元分裂出去的鞑靼和瓦剌，则长期游走于漠北，对明朝形成了强大的压力，瓦剌甚至一度打败明军主力并且俘获明朝英宗皇帝、兵临北京城下。而鞑靼则一直坚持到了明末清初，最终与满洲人建立的后金政权合作，共同对付明朝，并且最终看到了明朝的灭亡。

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